Koji K.
Suga H.
Uzuhashi S.
Coffey M.D.
Uematsu S.
Rahman M.Z.
Rahman M.Z., Uematsu S., Coffey M.D., Uzuhashi S., Suga H., & Koji K.
2014-12-27
Mycoscience
Homology ⢠Identification ⢠Intra-specific ⢠Phylogeny ⢠Variationã»
Re-evaluation of Japanese Phytophthora isolates based on molecular phylogenetic analyses
Rahman M.Z., Uematsu S., Coffey M.D., Uzuhashi S., Suga H., & Koji K. 2014. Re-evaluation of Japanese Phytophthora isolates based on molecular phylogenetic analyses. Mycoscience, 55(4): 314-327.
pythonVersion
2.7.9
pythonImplementation
CPython
SAR group
$1
^(\S*\s+\S*).*
false
^dc:contributor
^dc:creator
^dc:date
^dc:publisher
^dc:subject
^dc:title
^dcterms:bibliographicCitation
^ot:comment
^prism:creationDate
^prism:doi
^prism:endingPage
^prism:modificationDate
^prism:number
^prism:pageRange
^prism:publicationDate
^prism:publicationName
^prism:section
^prism:startingPage
^prism:volume
^skos:changeNote
^skos:historyNote
^tb:identifier.study
^tb:title.study
@label
^skos:historyNote
^skos:prefLabel
@label
Tl957585
Tl957591
Tl957629
Tl957632
Tl957643
Tl957650
Tl957657
Tl957665
Tl957666
Tl957673
Tl957696
Tl957698
Tl957586
Tl957587
Tl957594
Tl957597
Tl957598
Tl957600
Tl957610
Tl957612
Tl957613
Tl957618
Tl957626
Tl957638
Tl957640
Tl957642
Tl957652
Tl957653
Tl957671
Tl957680
Tl957684
Tl957689
Tl957693
Tl957697
Tl957599
Tl957630
Tl957664
Tl957615
Tl957685
Tl957624
Tl957660
Tl957681
Tl957661
Tl957682
^skos:historyNote
@label
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
@label
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
@label
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
@label
@label
@label
^ot:isTaxonExemplar
@label
@label
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
@label
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
@label
@label
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:isTaxonExemplar
^ot:branchLengthTimeUnit
^ot:nodeLabelMode
^ot:nodeLabelTimeUnit
^ot:reasonsToExcludeFromSynthesis
^tb:kind.tree
^tb:ntax.tree
^tb:quality.tree
^tb:type.tree
^ot:ottId
Kaitlin Allen
775740
Phytophthora
ot_1550
Rahman M.Z., Uematsu S., Coffey M.D., Uzuhashi S., Suga H., & Koji K. 2014. Re-evaluation of Japanese Phytophthora isolates based on molecular phylogenetic analyses. Mycoscience, 55(4): 314-327.
2014
2012-12-10
10.1016/j.myc.2013.11.005
327
2014-12-27
4
314-327
2014
Mycoscience
Study
314
55
Generated on Thu Jul 26 00:58:49 UTC 2018
Mapped from TreeBASE schema using org.cipres.treebase.domain.nexus.nexml.NexmlDocumentWriter@2e9f23a7 $Rev$
13726
Re-evaluation of Japanese Phytophthora isolates based on molecular phylogenetic analyses
Mapped from TreeBASE schema using org.cipres.treebase.domain.nexus.nexml.NexmlOTUWriter@7938cffb $Rev$
Phytophthora species Toku 1
Phytophthora megasperma MAFF237500
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora megasperma P A
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora humicola
88466
Phytophthora humicola
Phytophthora tentaculata
662695
Phytophthora tentaculata
Phytophthora heveae
5385443
Phytophthora heveae
Phytophthora species MAFF235788
Phytophthora pini
1054670
Phytophthora pini
Phytophthora cuyabensis
787225
Phytophthora cuyabensis
Phytophthora megasperma CH95PHG8
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora cryptogea
775732
Phytophthora cryptogea
Phytophthora europaea
605928
Phytophthora europaea
Phytophthora megasperma NBRC31624
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora megasperma CH95PHR16
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora drechsleri CH96HE1
405025
Phytophthora drechsleri
Phytophthora megasperma CH04PHR11
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora phaseoli
88502
Phytophthora phaseoli
Phytophthora meadii
130119
Phytophthora meadii
Phytophthora capsici
775738
Phytophthora capsici
Phytophthora nemorosa
459224
Phytophthora nemorosa
Phytophthora nicotianae
469192
Phytophthora nicotianae
Phytophthora chrysanthemi
925922
Phytophthora chrysanthemi
Phytophthora gonapodyides
23193
Phytophthora gonapodyides
Phytophthora gregata
460101
Phytophthora gregata
Phytophthora rubi
662691
Phytophthora rubi
Phytophthora megasperma CH97PHR1
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora sansomeana
559368
Phytophthora sansomeana
Phytophthora megasperma Pm 1
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora megasperma GF543
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora fragariae
152482
Phytophthora fragariae
Phytophthora sojae
740156
Phytophthora sojae
Phytophthora primulae
662694
Phytophthora primulae
Phytophthora alni
909695
Phytophthora alni
Phytophthora megasperma CH95PHR10
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora katsurae
88498
Phytophthora katsurae
Phytophthora porri
88503
Phytophthora porri
Phytophthora bisheria
466152
Phytophthora bisheria
Phytophthora megakarya
252692
Phytophthora megakarya
Phytophthora asparagi
610547
Phytophthora asparagi
Phytophthora cactorum MAFF235099
710888
Phytophthora cactorum
Phytophthora kernoviae
22095
Phytophthora kernoviae
Phytophthora megasperma CH00MKR1
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora iranica
740155
Phytophthora iranica
Phytophthora syringae
740158
Phytophthora syringae
Phytophthora species kelmania
Phytophthora drechsleri CH96HE2
405025
Phytophthora drechsleri
Phytophthora cinnamomi
355178
Phytophthora cinnamomi
Phytophthora species MAFF238158
Phytophthora multivesiculata
88501
Phytophthora multivesiculata
Phytophthora captiosa
505188
Phytophthora captiosa
Phytophthora ramorum
769955
Phytophthora ramorum
Phytophthora mirabilis
88500
Phytophthora mirabilis
Phytophthora glovera
129650
Phytophthora glovera
Phytophthora megasperma CH95PHR17
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora quercina
23194
Phytophthora quercina
Phytophthora megasperma CH95PHG7
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora botryosa
609883
Phytophthora botryosa
Phytophthora megasperma CH02PHR1
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora species APC001
Phytophthora sinensis
662693
Phytophthora sinensis
Phytophthora niederhauserii
27164
Phytophthora niederhauserii
Phytophthora inflata
88468
Phytophthora inflata
Phytophthora cambivora
152479
Phytophthora cambivora
Phytophthora arecae
5385446
Phytophthora arecae
Phytophthora citrophthora
252699
Phytophthora citrophthora
Phytophthora species MAFF235794
Phytophthora clandestina
103293
Phytophthora clandestina
Phytophthora megasperma
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora megasperma NBRC32176
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora boehmeriae
189661
Phytophthora boehmeriae
Phytophthora pseudosyringae
114629
Phytophthora pseudosyringae
Phytophthora polonica
212631
Phytophthora polonica
Phytophthora species GF468
Phytophthora infestans
775725
Phytophthora infestans
Phytophthora pistaciae
230520
Phytophthora pistaciae
Phytophthora cactorum NBRC32194
710888
Phytophthora cactorum
Phytophthora citricola
152480
Phytophthora citricola
Phytophthora hibernalis
81905
Phytophthora hibernalis
Phytophthora macrochlamydospora
740154
Phytophthora macrochlamydospora
Phytophthora drechsleri
405025
Phytophthora drechsleri
Phytophthora species MAFF239556
Phytophthora species GF534
Phytophthora vignae
740159
Phytophthora vignae
Phytophthora idaei
152484
Phytophthora idaei
Halophytophthora vesicula
437456
Halophytophthora vesicula
Phytophthora richardiae
1070127
Phytophthora richardiae
Phytophthora megasperma P B
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora erythroseptica
552580
Phytophthora erythroseptica
Phytophthora cinnamomi parvispora
Phytophthora cinnamomi var parvispora
Phytophthora cinnamomi var. parvispora
Phytophthora fallax
834837
Phytophthora fallax
Phytophthora cajani
609882
Phytophthora cajani
Phytophthora brassicae
359638
Phytophthora brassicae
Phytophthora melonis
262028
Phytophthora melonis
Phytophthora ipomoeae
36769
Phytophthora ipomoeae
Phytophthora foliorum
480561
Phytophthora foliorum
Phytophthora megasperma CH00MKR2
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora cactorum
710888
Phytophthora cactorum
Phytophthora citricola CH97TUL2
152480
Phytophthora citricola
Phytophthora quininea
715674
Phytophthora quininea
Phytophthora megasperma CH04PHR12
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora sojae NBRC31016
740156
Phytophthora sojae
Phytophthora siskiyouensis
325901
Phytophthora siskiyouensis
Phytophthora colocasiae
88463
Phytophthora colocasiae
Phytophthora medicaginis
856913
Phytophthora medicaginis
Phytophthora megasperma GF433
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora hedraiandra
850408
Phytophthora hedraiandra
Phytophthora palmivora
88464
Phytophthora palmivora
Phytophthora pseudotsugae
152485
Phytophthora pseudotsugae
Phytophthora megasperma GF649
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora ilicis
103294
Phytophthora ilicis
Phytophthora mexicana
399694
Phytophthora mexicana
Phytophthora species MAFF235786
Phytophthora megasperma CH94PHR1
775722
Phytophthora megasperma
Phytophthora species MAFF235784
Phytophthora insolita
1070126
Phytophthora insolita
Phytophthora inundata
572665
Phytophthora inundata
Mapped from TreeBASE schema using org.cipres.treebase.domain.nexus.nexml.NexmlTreeBlockWriter@2b372cb $Rev$
ot:changesCount
Neighbor-joining
Tn9659791
Tr59565_ROOT
false
Species Tree
116
Unrated
Consensus
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
false
true
true
false
true
false
true
false
true
true
true
true
true
false
true
false
true
false
true
true
false
true
false
true
false
true
false
true
false
true
false
true
true
true
false
true
false
true
false
true
false
true
false
true
true
true
true
true
true
true
true
false
true
false
true
true
true
true
true
false
true
true
true
true
true
true
false
true
false
true
true
true
true
false
true
true
true
false
true
true
true
true
true
true
false
true
true
true
true
true
false
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true