#NEXUS BEGIN TAXA; Dimensions NTax = 139; TaxLabels 'Porosia bigibbosa' 'Nebela carinataHB' 'Nebela tincta' 'Nebela carinata' 'Hyalosphaenia papilio' 'Hyalosphaenia elegans' 'Apodera vas' 'Padaungiella lageniformis' 'Bullinularia indica' 'Trigonopyxis arcula' 'Centropyxis laevigata' 'Arcella hemisphaerica' 'Arcella vulgarisSC' 'Arcella gibbosa' 'Arcella vulgarisWP' 'Arcella discoides' 'Arcella mitrata' 'Argynnia dentata' 'Cryptodifflugia operculata' 'Heleopera rosea' 'Spumochlamys perforata' 'Spumochlamys bryora' 'Pyxidicula operculata' 'Heleopera sphagni' 'Saccamoeba sp' 'Saccamoeba lacustris' 'Glaeseria mira' 'Copromyxa sp' 'Copromyxa cantabrigiensis' 'Chaos carolinense' 'Amoeba proteus' 'Amoeba leningradensis' 'Chaos nobile' 'Saccamoeba limax' 'Hartmannella abertawensis' 'Nolandella sp2' 'Nolandella sp1' 'Flabelulla sp' 'Rhizamoeba saxonica50742' 'Paraflabelulla hoguae' 'Rhizamoeba sp' 'Paraflabelulla reniformis' 'Flabelulla citata' 'Leptomyxa reticulata' 'Ripidomyxa sp' 'Rhizamoeba neglecta' 'Echinamoeba exudans' 'Echinamoeba thermarum' 'Hartmannella vermiformis' 'Entamoeba dispar' 'Entamoeba histolytica' 'Entamoeba equii' 'Pelomyxa palustris' 'Endolimax nana' Mastigasimplex 'Mastigella commutans' 'Mastigamoeba balamuthii' 'Stereomyxa ramosa' 'Parvamoeba monoura' 'Dictyostelium discoideum' 'Dictyostelium purpureum' 'Polysphondylium pallidum' 'Acytostelium ellipticum' 'Protosporangium articulatum' 'Clastostelium recurvatum' 'Dermamoeba algensis' CHINC5 'Pessonella sp' 'Trichosphaerium sp' 'Vexillifera minutissima' 'Paramoeba eilhardi' 'Neoparamoeba branchiphila' 'Korotnevella hemistylolepis' 'Vexillifera armata' 'Vannella anglica' 'Vannella ebro' 'Protosteliopsis fimicola' 'Platyamoeba placida' 'Lingulamoeba leei' 'Vannella sp' 'Clydonella sp' 'Vermistella antactica' 'Mayorella gemmifera' 'Mayorella sp' 'Sappinia diploidea' 'Thecamoeba ATCC50185' 'Sappinia pedata' 'Thecamoeba similis' 'Thecamoeba quadrilineata' 'Stenamoeba stenopodia' 'Stenamoeba sp' 'Homo sapiens' 'Drosophila melanogaster' 'Nematostella vectensis' 'Ministeria vibrans' 'Monosiga brevicollis' 'Salpingoeca amphoridium' 'Amoebidium parasiticum' 'Saccharomyces cerevisae' 'Glomus caledonium' 'Nuclearia simplex' 'Soliformovum expulsum' 'Soliformovum irregulare' Grellamoeba 'Protostelium mycophagum' 'Protostelium okumukumu' 'Protostelium nocturnum' 'Cavostelium apophysatum' 'Tychosporium acutostipes' 'Schizoplasmodiopsis amoeboidea' 'Flamella fluviatilis' 'Flamella aegyptia' 'Telaepolella tubaspherens' 'Filamoeba nolandi' 'Filamoeba sinensis' 'Didymium nigripes' Physapoly 'Protophysarum phloiogenum' 'Symphytocarpus impexus' 'Stemonitis flavogenita' 'Echinostelium arboreum' 'Trichia persimilis' 'Arcyria denudata' 'Lindbladia tubulina' 'Acramoeba dendroida' 'Multicilia marina' 'Nematostelium ovatum' 'Schizoplasmodium cavostelioides' 'Phalansterium solitarium' 'Stygamoeba regulata' 'Protacanthamoeba bohemica' 'Protosteliales sp' 'Acanthamoeba castellanii' 'Balamuthia mandrilaris' 'Gocevia fonbrunei' 'Endostelium zonatum' 'Cochliopodium spl' 'Cochliopodium CCAP1537' 'Cochliopodium spiniferum' ; END; BEGIN TREES; Tree tree5346 = ((((((((((((((((((((('Porosia bigibbosa':1.46686066241225e-06,'Nebela carinataHB':0.0017688349111757385):1.46686066241225e-06,'Nebela tincta':0.009485160476695566):0.003764066914364745,'Nebela carinata':1.46686066241225e-06):1.46686066241225e-06,'Hyalosphaenia papilio':1.46686066241225e-06):0.0031802595107957485,'Hyalosphaenia elegans':0.028865426131218144):0.015712697379222502,('Apodera vas':0.003448578769695453,'Padaungiella lageniformis':1.46686066241225e-06):0.007167011508514934):0.08554928424826447,('Bullinularia indica':0.02016843182971814,'Trigonopyxis arcula':0.08901603498432768):0.06510062987182448):0.011864863265684575,'Centropyxis laevigata':0.238557533356458):0.02128232252956636,((((((('Arcella hemisphaerica':0.0023449367417179992,'Arcella vulgarisSC':0.004042804511751509):0.004144164236946261,'Arcella gibbosa':0.04426396269990516):0.0010765670024832034,'Arcella vulgarisWP':0.005599477626132721):0.05407127180906043,'Arcella discoides':0.15122085541175392):0.002929511506451382,'Arcella mitrata':0.1860164648523743):0.16636078446675528,'Argynnia dentata':0.020584322296770045):0.0182191318978941,('Cryptodifflugia operculata':0.0503883397165856,'Heleopera rosea':0.03491883430198702):0.026553144729831148):0.013673860279198195):0.0045350970964555,('Spumochlamys perforata':0.06798844302341912,'Spumochlamys bryora':0.09650262465577478):0.21966622604484862):0.00783428478042234,'Pyxidicula operculata':0.11906371777718958):0.004927190641239532,'Heleopera sphagni':0.18284235519568995):0.004403653106208439,(((((('Saccamoeba sp':0.006378055588631208,'Saccamoeba lacustris':0.0035524083649968656):0.0322881751174508,'Glaeseria mira':0.019090396300628844):0.03540175789195368,('Copromyxa sp':0.024780207712174696,'Copromyxa cantabrigiensis':0.019639397932681914):0.016471974880876566):0.052246427719600995,((('Chaos carolinense':0.007590289050186073,'Amoeba proteus':0.02585154034970694):0.006566975155754845,'Amoeba leningradensis':0.02288607834817981):0.0022298475836491217,'Chaos nobile':0.013377493896960293):0.07762001720385836):0.03308884280643206,'Saccamoeba limax':0.13352782859845344):0.028223811937386985,(('Hartmannella abertawensis':0.016754315304620557,'Nolandella sp2':0.008973807472359959):0.01969457110034829,'Nolandella sp1':0.060898966603177916):0.044394855978118326):0.005452111834401183):0.023679118886201264,((((('Flabelulla sp':0.0019426170383642363,'Rhizamoeba saxonica50742':0.0009785988012191173):1.46686066241225e-06,'Paraflabelulla hoguae':1.46686066241225e-06):0.002220282582023768,('Rhizamoeba sp':0.050593800740127794,'Paraflabelulla reniformis':0.008899889370614042):0.002095983105042566):0.006985732688621729,'Flabelulla citata':0.010059061030395144):0.033662448719955315,(('Leptomyxa reticulata':1.46686066241225e-06,'Ripidomyxa sp':1.46686066241225e-06):1.46686066241225e-06,'Rhizamoeba neglecta':0.001908080312176367):0.01919192754781267):0.020557846957858346):0.03498966945782822,(('Echinamoeba exudans':0.02707123690143096,'Echinamoeba thermarum':0.0407953536224374):0.04450198726418903,'Hartmannella vermiformis':0.046702191897218887):0.006744353883897486):0.018625786929273212,(((((('Entamoeba dispar':0.004439224626104656,'Entamoeba histolytica':0.00022286109497672172):0.036241933323063615,'Entamoeba equii':0.05808933653399953):0.26072678199232274,'Pelomyxa palustris':0.4089044712658087):0.054778009689430154,(('Endolimax nana':0.19601472813109105,Mastigasimplex:0.07641253951414048):0.043419179038983596,('Mastigella commutans':0.05204727737727545,'Mastigamoeba balamuthii':0.1120827285577661):0.044250619774830545):0.02883208784928931):0.013754044852043753,'Stereomyxa ramosa':0.02672734266794669):0.031292486839186104,'Parvamoeba monoura':0.17502515080279996):0.03051201090629575):0.006881329298421148,(((('Dictyostelium discoideum':0.002119347384728758,'Dictyostelium purpureum':0.006976316486703989):0.02666316306390483,('Polysphondylium pallidum':0.05317058740881448,'Acytostelium ellipticum':0.02050819688275971):0.12899458430457028):0.17092583121925253,('Protosporangium articulatum':0.09268069515324565,'Clastostelium recurvatum':0.12089915815768426):0.08642915572956032):0.037304156825422936,'Dermamoeba algensis':0.0811119677384878):0.010592153423989333):0.010290811979694645,((((((((CHINC5:1.46686066241225e-06,'Pessonella sp':0.1393640341152924):0.09549540515728872,('Trichosphaerium sp':0.14771147541616103,'Vexillifera minutissima':0.1368589727420492):0.03437779224515615):0.026426301006338172,((('Paramoeba eilhardi':0.004001881079253206,'Neoparamoeba branchiphila':0.01275413012568672):0.018861384159306823,'Korotnevella hemistylolepis':0.011643126799721659):0.007320638354405812,'Vexillifera armata':0.01576849067936496):0.023883091957455947):0.011758515634042116,((('Vannella anglica':0.004239413395437558,'Vannella ebro':0.00852440728595602):0.04866238175929541,('Protosteliopsis fimicola':0.0076908921798955285,'Platyamoeba placida':0.0122798589281737):0.030545837854664897):0.09582167050041275,(('Lingulamoeba leei':0.030927026692739723,'Vannella sp':0.4503801551563678):0.02908138281478393,'Clydonella sp':0.3941511052687178):0.027568785630253292):0.028804534112061454):0.009519593155695736,'Vermistella antactica':0.04981540251827201):0.004312054485084191,('Mayorella gemmifera':0.045926595156375656,'Mayorella sp':0.03100292149999407):0.02727874907949282):0.006169283152558928,(((('Sappinia diploidea':0.001063380124177346,'Thecamoeba ATCC50185':0.0038167978582559514):0.018543608257359522,'Sappinia pedata':0.0089828104610692):0.08284518650867972,('Thecamoeba similis':0.05553151757076212,'Thecamoeba quadrilineata':0.07409925137836432):0.18185454699055478):0.022672876631620428,('Stenamoeba stenopodia':0.014151443122757025,'Stenamoeba sp':0.01601020421230631):0.022548876905559196):0.02050576754794851):0.004871862642482783,((((('Homo sapiens':0.10095789734085453,'Drosophila melanogaster':0.12741414708747328):0.06883491654180138,'Nematostella vectensis':0.03333126532944967):0.015586359859095733,'Ministeria vibrans':0.09824149709559514):0.011616576108700703,(('Monosiga brevicollis':0.026266062631866424,'Salpingoeca amphoridium':0.0539480175734292):0.017572566178141763,'Amoebidium parasiticum':0.027009488167663204):0.0073960960052666894):0.006367519421877501,(('Saccharomyces cerevisae':0.06780759206201276,'Glomus caledonium':0.03597111980327127):0.025533500220533197,'Nuclearia simplex':0.03886098399482029):0.003972230887437693):0.03194940387473744):0.0012919736154207008):0.0022874588679381,((((((((('Soliformovum expulsum':0.061737599446041354,'Soliformovum irregulare':0.07746962012762737):0.047214349854215125,Grellamoeba:0.06400010833681426):0.1820196715156468,(('Protostelium mycophagum':0.0898947349827879,'Protostelium okumukumu':0.16812614527751552):0.027877324729590015,'Protostelium nocturnum':0.07096383274711363):0.058553436595283184):0.011279539580982894,(('Cavostelium apophysatum':0.3271517261300262,'Tychosporium acutostipes':0.10638253527027317):0.0630832556400983,'Schizoplasmodiopsis amoeboidea':0.06466792083440401):0.04158656316883891):0.013070281431301388,((('Flamella fluviatilis':0.048357117481313244,'Flamella aegyptia':0.03649037908160862):0.06133622784245207,'Telaepolella tubaspherens':0.05932153650982786):0.02092126000086642,('Filamoeba nolandi':0.007063121657345478,'Filamoeba sinensis':0.00572416876216785):0.18457890485680278):0.017488821193952453):0.0233124365433671,(((((((('Didymium nigripes':0.03289917392234742,Physapoly:0.059737100778818386):0.012370754367251083,'Protophysarum phloiogenum':0.06306168597070026):0.03588681449523989,('Symphytocarpus impexus':0.02198358136654204,'Stemonitis flavogenita':0.03446005141080813):0.023273852785607993):0.09785299812870388,'Echinostelium arboreum':0.21077187318650073):0.11625904502259368,(('Trichia persimilis':0.10594524542425933,'Arcyria denudata':0.17984524476564517):0.15340697005162166,'Lindbladia tubulina':0.6541023196483138):0.07292401395939452):0.18781048895868319,'Acramoeba dendroida':0.1146646751842758):0.0403123907572716,'Multicilia marina':0.089726905884208):0.019524620174111242,('Nematostelium ovatum':0.009267350716704384,'Schizoplasmodium cavostelioides':0.006719411041096683):0.02110633488218321):0.007588220973216845):0.0075436940668767265,'Phalansterium solitarium':0.09341803476758818):0.015605658792833748,'Stygamoeba regulata':0.03852223044909284):0.008509559075272588,(('Protacanthamoeba bohemica':0.018438696738275757,'Protosteliales sp':0.06764855091772407):0.05203867169559338,('Acanthamoeba castellanii':0.015786399511318067,'Balamuthia mandrilaris':0.02658665002452464):0.007757901686064379):0.010969813298914615):0.0036513795538390217):0.04087735210328483,('Gocevia fonbrunei':0.04453038288399333,'Endostelium zonatum':0.09983945042111872):0.03068523687759467):0.30828595886079063,('Cochliopodium spl':0.05797309017351171,'Cochliopodium CCAP1537':0.0283644344723079):0.03565549077383855,'Cochliopodium spiniferum':0.048067807263602165); Tree tree6607 = (((((('Homo sapiens':0.10096,'Drosophila melanogaster':0.12741):0.06883,'Nematostella vectensis':0.03333):0.01559,'Ministeria vibrans':0.09824):0.01162,(('Monosiga brevicollis':0.02627,'Salpingoeca amphoridium':0.05395):0.01757,'Amoebidium parasiticum':0.02701):0.0074):0.00637,(('Saccharomyces cerevisae':0.06781,'Glomus caledonium':0.03597):0.02553,'Nuclearia simplex':0.03886):0.00397):0.03035,((((((((CHINC5,'Pessonella sp':0.13936):0.0955,('Trichosphaerium sp':0.14771,'Vexillifera minutissima':0.13686):0.03438):0.02643,((('Paramoeba eilhardi':0.004,'Neoparamoeba branchiphila':0.01275):0.01886,'Korotnevella hemistylolepis':0.01164):0.00732,'Vexillifera armata':0.01577):0.02388):0.01176,((('Vannella anglica':0.00424,'Vannella ebro':0.00852):0.04866,('Protosteliopsis fimicola':0.00769,'Platyamoeba placida':0.01228):0.03055):0.09582,(('Lingulamoeba leei':0.03093,'Vannella sp':0.45038):0.02908,'Clydonella sp':0.39415):0.02757):0.0288):0.00952,'Vermistella antactica':0.04982):0.00431,('Mayorella gemmifera':0.04593,'Mayorella sp':0.031):0.02728):0.00617,(((('Sappinia diploidea':0.00106,'Thecamoeba ATCC50185':0.00382):0.01854,'Sappinia pedata':0.00898):0.08285,('Thecamoeba similis':0.05553,'Thecamoeba quadrilineata':0.0741):0.18185):0.02267,('Stenamoeba stenopodia':0.01415,'Stenamoeba sp':0.01601):0.02255):0.02051):0.00487,(((((((((((((((((('Porosia bigibbosa','Nebela carinataHB':0.00177),'Nebela tincta':0.00949):0.00376,'Nebela carinata'),'Hyalosphaenia papilio'):0.00318,'Hyalosphaenia elegans':0.02887):0.01571,('Apodera vas':0.00345,'Padaungiella lageniformis'):0.00717):0.08555,('Bullinularia indica':0.02017,'Trigonopyxis arcula':0.08902):0.0651):0.01186,'Centropyxis laevigata':0.23856):0.02128,((((((('Arcella hemisphaerica':0.00234,'Arcella vulgarisSC':0.00404):0.00414,'Arcella gibbosa':0.04426):0.00108,'Arcella vulgarisWP':0.0056):0.05407,'Arcella discoides':0.15122):0.00293,'Arcella mitrata':0.18602):0.16636,'Argynnia dentata':0.02058):0.01822,('Cryptodifflugia operculata':0.05039,'Heleopera rosea':0.03492):0.02655):0.01367):0.00454,('Spumochlamys perforata':0.06799,'Spumochlamys bryora':0.0965):0.21967):0.00783,'Pyxidicula operculata':0.11906):0.00493,'Heleopera sphagni':0.18284):0.0044,(((((('Saccamoeba sp':0.00638,'Saccamoeba lacustris':0.00355):0.03229,'Glaeseria mira':0.01909):0.0354,('Copromyxa sp':0.02478,'Copromyxa cantabrigiensis':0.01964):0.01647):0.05225,((('Chaos carolinense':0.00759,'Amoeba proteus':0.02585):0.00657,'Amoeba leningradensis':0.02289):0.00223,'Chaos nobile':0.01338):0.07762):0.03309,'Saccamoeba limax':0.13353):0.02822,(('Hartmannella abertawensis':0.01675,'Nolandella sp2':0.00897):0.01969,'Nolandella sp1':0.0609):0.04439):0.00545):0.02368,((((('Flabelulla sp':0.00194,'Rhizamoeba saxonica50742':0.00098),'Paraflabelulla hoguae'):0.00222,('Rhizamoeba sp':0.05059,'Paraflabelulla reniformis':0.0089):0.0021):0.00699,'Flabelulla citata':0.01006):0.03366,(('Leptomyxa reticulata','Ripidomyxa sp'),'Rhizamoeba neglecta':0.00191):0.01919):0.02056):0.03499,(('Echinamoeba exudans':0.02707,'Echinamoeba thermarum':0.0408):0.0445,'Hartmannella vermiformis':0.0467):0.00674):0.01863,(((((('Entamoeba dispar':0.00444,'Entamoeba histolytica':0.00022):0.03624,'Entamoeba equii':0.05809):0.26073,'Pelomyxa palustris':0.4089):0.05478,(('Endolimax nana':0.19601,Mastigasimplex:0.07641):0.04342,('Mastigella commutans':0.05205,'Mastigamoeba balamuthii':0.11208):0.04425):0.02883):0.01375,'Stereomyxa ramosa':0.02673):0.03129,'Parvamoeba monoura':0.17503):0.03051):0.00688,(((('Dictyostelium discoideum':0.00212,'Dictyostelium purpureum':0.00698):0.02666,('Polysphondylium pallidum':0.05317,'Acytostelium ellipticum':0.02051):0.12899):0.17093,('Protosporangium articulatum':0.09268,'Clastostelium recurvatum':0.1209):0.08643):0.0373,'Dermamoeba algensis':0.08111):0.01059):0.01029,((('Gocevia fonbrunei':0.04453,'Endostelium zonatum':0.09984):0.03069,(('Cochliopodium spl':0.05797,'Cochliopodium CCAP1537':0.02836):0.03566,'Cochliopodium spiniferum':0.04807):0.30829):0.04088,((('Protacanthamoeba bohemica':0.01844,'Protosteliales sp':0.06765):0.05204,('Acanthamoeba castellanii':0.01579,'Balamuthia mandrilaris':0.02659):0.00776):0.01097,('Stygamoeba regulata':0.03852,('Phalansterium solitarium':0.09342,(((((('Soliformovum expulsum':0.06174,'Soliformovum irregulare':0.07747):0.04721,Grellamoeba:0.064):0.18202,(('Protostelium mycophagum':0.08989,'Protostelium okumukumu':0.16813):0.02788,'Protostelium nocturnum':0.07096):0.05855):0.01128,(('Cavostelium apophysatum':0.32715,'Tychosporium acutostipes':0.10638):0.06308,'Schizoplasmodiopsis amoeboidea':0.06467):0.04159):0.01307,((('Flamella fluviatilis':0.04836,'Flamella aegyptia':0.03649):0.06134,'Telaepolella tubaspherens':0.05932):0.02092,('Filamoeba nolandi':0.00706,'Filamoeba sinensis':0.00572):0.18458):0.01749):0.02331,(('Nematostelium ovatum':0.00927,'Schizoplasmodium cavostelioides':0.00672):0.02111,('Multicilia marina':0.08973,('Acramoeba dendroida':0.11466,((((('Didymium nigripes':0.0329,Physapoly:0.05974):0.01237,'Protophysarum phloiogenum':0.06306):0.03589,('Symphytocarpus impexus':0.02198,'Stemonitis flavogenita':0.03446):0.02327):0.09785,'Echinostelium arboreum':0.21077):0.11626,(('Trichia persimilis':0.10595,'Arcyria denudata':0.17985):0.15341,'Lindbladia tubulina':0.6541):0.07292):0.18781):0.04031):0.01952):0.00759):0.00754):0.01561):0.00851):0.00365):0.00229):0.00129):0.0016); END;