--embed --agent-only pythonVersion 2.7.5+ pythonImplementation CPython All life ^ot:isTaxonExemplar ^ot:isTaxonExemplar ^ot:ottId otu418853 otu418855 ^ot:comment ^ot:branchLengthTimeUnit ^ot:nodeLabelMode ^ot:nodeLabelTimeUnit ^ot:branchLengthTimeUnit ^ot:nodeLabelMode ^ot:nodeLabelTimeUnit tree6566 bryan drew Stephen Smith Joseph W. Brown Jonathan A Rees 916750 Streptophyta false pg_2820 Ruhfel, Brad R, Matthew A Gitzendanner, Pamela S Soltis, Douglas E Soltis, J Burleigh. 2014. From algae to angiosperms–inferring the phylogeny of green plants (Viridiplantae) from 360 plastid genomes. BMC Evolutionary Biology 14 (1): 23 2014 Mesostigma viride 976425 Mesostigma viride Chlorokybus atmophyticus 326012 Chlorokybus atmophyticus Chaetosphaeridium globosum 930072 Chaetosphaeridium globosum Zygnema circumcarinatum 331827 Zygnema circumcarinatum Staurastrum punctulatum 36847 Staurastrum punctulatum Selaginella uncinata 743291 Selaginella uncinata Selaginella moellendorffii 799880 Selaginella moellendorffii Isoetes flaccida 474802 Isoetes flaccida Huperzia lucidula 79108 Huperzia lucidula Angiopteris evecta 687391 Angiopteris evecta Alsophila spinulosa 196625 Alsophila spinulosa Pteridium aquilinum 195639 Pteridium aquilinum Cheilanthes lindheimeri 554532 Cheilanthes lindheimeri Adiantum capillus 164367 Adiantum Psilotum nudum 144810 Psilotum nudum Equisetum arvense 718999 Equisetum arvense Amborella trichopoda 303950 Amborella trichopoda Nuphar advena 966714 Nuphar advena Nymphaea alba 1081719 Nymphaea alba Illicium oligandrum 515370 Illicium oligandrum Piper cenocladum 677960 Piper cenocladum Drimys granadensis 628855 Drimys granadensis Calycanthus floridus 890686 Calycanthus floridus Magnolia kwangsiensis 612706 Magnolia kwangsiensis Liriodendron tulipifera 777299 Liriodendron tulipifera Chloranthus spicatus 815634 Chloranthus spicatus Ceratophyllum demersum 10930 Ceratophyllum demersum Nandina domestica 297870 Nandina domestica Ranunculus macranthus 973714 Ranunculus macranthus Megaleranthis saniculifolia 604765 Megaleranthis saniculifolia Trochodendron aralioides 62529 Trochodendron aralioides Buxus microphylla 1098659 Buxus microphylla Gunnera manicata 558795 Gunnera manicata Phoradendron serotinum 914231 Phoradendron serotinum Ximenia americana 1015539 Ximenia americana Davidia involucrata 555257 Davidia involucrata Cornus florida 148264 Cornus florida Aucuba japonica 847168 Aucuba japonica Boea hygrometrica 1053976 Boea hygrometrica Epifagus virginiana 648839 Epifagus virginiana Sesamum indicum 504628 Sesamum indicum Antirrhinum majus 596457 Antirrhinum majus Jasminum nudiflorum 78855 Jasminum nudiflorum Olea woodiana 192562 Olea woodiana Olea europaeacuspi 315920 Olea europaea subsp. cuspidata Olea europaeamaro 22168 Olea europaea subsp. maroccana Olea europaeaeuro 22157 Olea europaea subsp. europaea Ehretia acuminata 637823 Ehretia acuminata Nerium oleander 65881 Nerium oleander Coffea arabica 1001050 Coffea arabica Ipomoea purpurea 1071036 Ipomoea purpurea Cuscuta obtusiflora 578435 Cuscuta obtusiflora Cuscuta gronovii 77369 Cuscuta gronovii Cuscuta reflexa 1071026 Cuscuta reflexa Cuscuta exaltata 321016 Cuscuta exaltata Atropa belladonna 232448 Atropa belladonna Solanum bulbocastanum 475230 Solanum bulbocastanum Solanum tuberosum 494835 Solanum tuberosum Solanum lycopersicum 378964 Solanum lycopersicum Nicotiana tabacum 222787 Nicotiana tabacum Nicotiana sylvestris 222794 Nicotiana sylvestris Nicotiana undulata 210478 Nicotiana undulata Nicotiana tomentosiformis 229330 Nicotiana tomentosiformis Trachelium caeruleum 729871 Trachelium caeruleum Scaevola aemula 627716 Scaevola aemula Lactuca sativa 515700 Lactuca sativa Jacobaea vulgaris 238719 Jacobaea vulgaris Ageratina adenophora 1007563 Ageratina adenophora Parthenium argentatum 928424 Parthenium argentatum Helianthus annuus 515712 Helianthus annuus Guizotia abyssinica 515721 Guizotia abyssinica Oxypolis greenmanii 3891429 Oxypolis greenmannii Crithmum maritimum 903082 Crithmum maritimum Petroselinum crispum 2485 Petroselinum crispum Anethum graveolens 378039 Anethum graveolens Anthriscus cerefolium 105027 Anthriscus cerefolium Daucus carota 372836 Daucus carota Hydrocotyle sp 2500 Hydrocotyle Panax ginseng 524063 Panax ginseng Eleutherococcus senticosus 631492 Eleutherococcus senticosus Lonicera japonica 2125 Lonicera japonica Ilex cornuta 468915 Ilex cornuta Franklinia alatamaha 313396 Franklinia alatamaha Arbutus unedo 100947 Arbutus unedo Rhododendron simsii 269864 Rhododendron simsii Plumbago auriculata 137612 Plumbago auriculata Fagopyrum esculentum 904381 Fagopyrum esculentum Mollugo verticillata 584113 Mollugo verticillata Anredera baselloides 776687 Anredera baselloides Portulaca oleracea 883494 Portulaca oleracea Pereskia sacharosa 393234 Pereskia sacharosa Maihuenia poeppigii 151086 Maihuenia poeppigii Blossfeldia liliputana 933406 Blossfeldia liliputana Weingartia kargliana 806793 Weingartia kargliana Opuntia decumbens 1017354 Opuntia decumbens Pereskiopsis diguetii 913978 Pereskiopsis diguetii Didierea madagascariensis 358746 Didierea madagascariensis Portulacaria afra 725868 Portulacaria afra Spinacia oleracea 317784 Spinacia oleracea Silene noctiflora 418334 Silene noctiflora Silene conica 378396 Silene conica Silene latifolia 609504 Silene latifolia Silene vulgaris 356125 Silene vulgaris Berberidopsis corallina 733780 Berberidopsis corallina Pelargonium x 372825 Pelargonium Monsonia speciosa 342269 Monsonia speciosa Erodium texanum 186552 Erodium texanum Erodium carvifolium 680724 Erodium carvifolium Geranium palmatum 453131 Geranium palmatum Eucalyptus globulus 847929 Eucalyptus globulus Eucalyptus grandis 40959 Eucalyptus grandis Oenothera argillicola 438936 Oenothera argillicola Oenothera parviflora 891451 Oenothera parviflora Oenothera glazioviana 891449 Oenothera glazioviana Oenothera elata 536540 Oenothera elata Oenothera biennis 438941 Oenothera biennis Staphylea colchica 417073 Staphylea colchica Citrus sinensis 3942433 Citrus sinensis Theobroma cacao 388185 Theobroma cacao Gossypium raimondii 79347 Gossypium raimondii Gossypium arboreum 625750 Gossypium arboreum Gossypium herbaceum 733227 Gossypium herbaceum Gossypium thurberi 733238 Gossypium thurberi Gossypium barbadense 854476 Gossypium barbadense Gossypium hirsutum 854480 Gossypium hirsutum Gossypium darwinii 733233 Gossypium darwinii Gossypium mustelinum 733225 Gossypium mustelinum Gossypium tomentosum 733231 Gossypium tomentosum Carica papaya 429474 Carica papaya Aethionema grandiflorum 323921 Aethionema grandiflorum Aethionema cordifolium 835715 Aethionema cordifolium Lepidium virginicum 872349 Lepidium virginicum Arabidopsis thaliana 309263 Arabidopsis thaliana Capsella bursa 833644 Capsella bursa-pastoris Olimarabidopsis pumila 212322 Olimarabidopsis pumila Crucihimalaya wallichii 550046 Crucihimalaya wallichii Barbarea verna 35915 Barbarea verna Nasturtium officinale 556245 Nasturtium officinale Lobularia maritima 213304 Lobularia maritima Arabis hirsuta 550043 Arabis hirsuta Draba nemorosa 918850 Draba nemorosa Bulnesia arborea 760118 Bulnesia arborea Euonymus americanus 314417 Euonymus americanus Oxalis latifolia 254699 Oxalis latifolia Jatropha curcas 916001 Jatropha curcas Ricinus communis 339346 Ricinus communis Manihot esculenta 339369 Manihot esculenta Hevea brasiliensis 339361 Hevea brasiliensis Passiflora biflora 243860 Passiflora biflora Populus trichocarpa 8861 Populus trichocarpa Populus alba 1030862 Populus alba Lotus japonicus 1081728 Lotus japonicus Cicer arietinum 612429 Cicer arietinum Medicago truncatula 1060499 Medicago truncatula Trifolium subterraneum 539553 Trifolium subterraneum Pisum sativum 359905 Pisum sativum Lathyrus sativus 510046 Lathyrus sativus Millettia pinnata 170183 Millettia pinnata Glycine max 681762 Glycine max Vigna radiata 806245 Vigna radiata Phaseolus vulgaris 825707 Phaseolus vulgaris Corynocarpus laevigata 253321 Corynocarpus laevigata Cucumis sativus 1006246 Cucumis sativus Cucumis melo 1006256 Cucumis melo Castanea mollissima 540978 Castanea mollissima Quercus nigra 691458 Quercus nigra Morus indica 307703 Morus indica Ficus sp 658513 Ficus Fragaria vesca 852873 Fragaria vesca Prunus persica 259054 Prunus persica Pentactina rupicola 381713 Pentactina rupicola Pyrus pyrifolia 443418 Pyrus pyrifolia Liquidambar styraciflua 62530 Liquidambar styraciflua Heuchera sanguinea 404246 Heuchera sanguinea Vitis vinifera 756728 Vitis vinifera Dillenia indica 244320 Dillenia indica Nelumbo nuciferaNC 532288 Nelumbo nucifera Nelumbo lutea 532278 Nelumbo lutea Platanus occidentalis 62543 Platanus occidentalis Meliosma aff cuneifolia 466821 Meliosma aff. cuneifolia M. J. Moore 333 Acorus americanus 889466 Acorus americanus Acorus calamus 1008193 Acorus calamus Colocasia esculenta 1008203 Colocasia esculenta Spirodela polyrhiza 814207 Spirodela polyrhiza Wolffia australiana 1059895 Wolffia australiana Wolffiella lingulata 531362 Wolffiella lingulata Lemna minor 431388 Lemna minor Lilium superbum 592254 Lilium superbum Dioscorea elephantipes 515360 Dioscorea elephantipes Pandanus utilis 919849 Pandanus utilis Apostasia wallichii 230965 Apostasia wallichii Phalaenopsis aphrodite 376677 Phalaenopsis aphrodite Oncidium Gower 5148591 Oncidium hybrid cultivar Rhizanthella gardneri 863132 Rhizanthella gardneri Neottia nidus 875517 Neottia nidus-avis Iris virginica 618706 Iris virginica Phormium tenax 550811 Phormium tenax Agapanthus praecox 306466 Agapanthus praecox Nolina atopocarpa 80226 Nolina atopocarpa Asparagus officinalis 748359 Asparagus officinalis Lomandra longifolia 4662 Lomandra longifolia Albuca kirkii 654309 Albuca kirkii Chlorophytum rhizopendulum 80230 Chlorophytum rhizopendulum Hosta ventricosa 1023689 Hosta ventricosa Hesperaloe parviflora 1074219 Hesperaloe parviflora Yucca schidigera 748207 Yucca schidigera Neoastelia spectabilis 723518 Neoastelia spectabilis Curculigo capitulata 807749 Molineria capitulata Sparganium eurycarpum 856726 Sparganium eurycarpum Typha latifolia 613200 Typha latifolia Mayaca fluviatilis 333076 Mayaca fluviatilis Syngonanthus chrysanthus 80224 Syngonanthus chrysanthus Thurnia sphaerocephala 909101 Thurnia sphaerocephala Cyperus alternifolius 627030 Cyperus alternifolius Juncus effusus 26727 Juncus effusus Abolboda macrostachya 671337 Abolboda macrostachya Thamnochortus insignis 312788 Thamnochortus insignis Centrolepis monogyna 3719 Centrolepis monogyna Flagellaria indica 971346 Flagellaria indica Joinvillea ascendens 205629 Joinvillea ascendens Ecdeiocolea monostachya 427739 Ecdeiocolea monostachya Georgeantha hexandra 969258 Georgeantha hexandra Streptochaeta angustifolia 728972 Streptochaeta angustifolia Anomochloa marantoidea 477795 Anomochloa marantoidea Puelia olyriformis 355692 Puelia olyriformis Eleusine coracana 649388 Eleusine coracana Panicum virgatum 205619 Panicum virgatum Coix lacryma 83448 Coix lacryma-jobi Saccharum hybrid310 1079469 Saccharum Sorghum bicolor 552986 Sorghum bicolor Zea mays 605194 Zea mays Microlaena stipoides 939491 Microlaena stipoides Potamophila parviflora 939500 Potamophila parviflora Rhynchoryza subulata 858810 Rhynchoryza subulata Leersia tisserantii 890604 Leersia tisserantii Oryza australiensis 709898 Oryza australiensis Oryza rufipogonB 135756 Oryza rufipogon Oryza meridionalis 831087 Oryza meridionalis Oryza rufipogonA 135756 Oryza rufipogon Oryza sativaJaponica 964630 Oryza sativa Japonica Group Oryza nivara 709887 Oryza nivara Oryza sativaIndica 964619 Oryza sativa Indica Group Brachypodium distachyon 413237 Brachypodium distachyon Festuca arundinacea 105576 Festuca arundinacea Lolium perenne 135774 Lolium perenne Agrostis stolonifera 307879 Agrostis stolonifera Triticum aestivum 31926 Triticum aestivum Hordeum vulgare 657948 Hordeum vulgare Bambusa emeiensis 452032 Bambusa emeiensis Bambusa oldhamii 584269 Bambusa oldhamii Dendrocalamus latiflorus 646750 Dendrocalamus latiflorus Ferrocalamus rimosivaginus 780026 Ferrocalamus rimosivaginus Indocalamus longiauritus 248282 Indocalamus longiauritus Phyllostachys propinqua 478780 Phyllostachys propinqua Phyllostachys nigra 371271 Phyllostachys nigra Phyllostachys edulis 256629 Phyllostachys edulis Acidosasa purpurea 789370 Acidosasa purpurea Potarophytum riparium 221742 Potarophytum riparium Brocchinia micrantha 332795 Brocchinia micrantha Neoregelia carolinae 80228 Neoregelia carolinae Puya laxa 645469 Puya laxa Pitcairnia feliciana 442398 Pitcairnia feliciana Fosterella caulescens 661219 Fosterella caulescens Navia saxicola 217385 Navia saxicola Tradescantia ohiensis 213145 Tradescantia ohiensis Belosynapsis ciliata 80232 Belosynapsis ciliata Musa acuminata 207474 Musa acuminata Renealmia alpinia 737475 Renealmia alpinia Dasypogon bromeliifolius 1050331 Dasypogon bromeliifolius Kingia australis 221917 Kingia australis Phoenix dactylifera 789008 Phoenix dactylifera Elaeis oleifera 210313 Elaeis oleifera Ravenea hildebrandtii 539493 Ravenea hildebrandtii Chamaedorea seifrizii 736869 Chamaedorea seifrizii Cedrus deodaraNC 924430 Cedrus deodara Larix decidua 693251 Larix decidua Larix occidentalis 994602 Larix occidentalis Pseudotsuga sinensis 693241 Pseudotsuga sinensis Pinus canariensis 97777 Pinus canariensis Pinus pinaster 837883 Pinus pinaster Pinus merkusii 837877 Pinus merkusii Pinus thunbergiiNC 1075728 Pinus thunbergii Pinus resinosa 81207 Pinus resinosa Pinus contorta 1044477 Pinus contorta Pinus banksiana 1075733 Pinus banksiana Pinus ponderosa 736900 Pinus ponderosa Pinus torreyana subsp torreyana 350491 Pinus torreyana subsp. torreyana Pinus torreyana subsp insularis 350484 Pinus torreyana subsp. insularis Pinus leiophylla var chihuahuana 350486 Pinus leiophylla var. chihuahuana Pinus taeda 1075736 Pinus taeda Pinus attenuata 786792 Pinus attenuata Pinus nelsonii 837873 Pinus nelsonii Pinus aristata 786782 Pinus aristata Pinus rzedowskii 263467 Pinus rzedowskii Pinus monophylla 225275 Pinus monophylla Pinus squamata 534036 Pinus squamata Pinus gerardiana 212453 Pinus gerardiana Pinus krempfii 568623 Pinus krempfii Pinus peuce 837891 Pinus peuce Pinus monticola 568650 Pinus monticola Pinus lambertiana 568626 Pinus lambertiana Pinus albicaulis 786785 Pinus albicaulis Pinus armandii 714285 Pinus armandii Pinus koraiensis 830806 Pinus koraiensis Pinus cembra 61771 Pinus cembra Pinus sibirica 814113 Pinus sibirica Pinus parviflora var pentaphylla 262943 Pinus parviflora var. pentaphylla Pinus strobus 568616 Pinus strobus Pinus ayacahuite 786788 Pinus ayacahuite Pinus flexilis 799605 Pinus flexilis Cathaya argyrophylla 659110 Cathaya argyrophylla Picea morrisonicola 229659 Picea morrisonicola Picea sitchensis 771664 Picea sitchensis Keteleeria davidiana 994545 Keteleeria davidiana Abies firma 648454 Abies firma Ephedra equisetina 878619 Ephedra equisetina Gnetum parvifolium 332581 Gnetum parvifolium Welwitschia mirabilis 47947 Welwitschia mirabilis Halocarpus kirkii 309855 Halocarpus kirkii Podocarpus totara 700838 Podocarpus totara Agathis australis 10217 Agathis australis Cephalotaxus wilsoniana 1015535 Cephalotaxus wilsoniana Taiwania cryptomerioides 238581 Taiwania cryptomerioides Cryptomeria japonica 620749 Cryptomeria japonica Ginkgo biloba 994084 Ginkgo biloba Cycas micronesica 834468 Cycas micronesica Cycas taitungensis 408490 Cycas taitungensis Anthoceros formosae 295683 Anthoceros formosae Marchantia polymorpha 56596 Marchantia polymorpha Ptilidium pulcherrimum 390598 Ptilidium pulcherrimum Aneura mirabilis 257397 Aneura mirabilis Syntrichia ruralis 947429 Syntrichia ruralis Physcomitrella patens 821359 Physcomitrella patens Chara vulgaris 567853 Chara vulgaris Nephroselmis olivacea 439268 Nephroselmis olivacea Oocystis solitaria 1027468 Oocystis solitaria Leptosira terrestris 266801 Leptosira terrestris Coccomyxa sp 450225 Coccomyxa Helicosporidium sp 338341 Helicosporidium Parachlorella kessleri 339020 Parachlorella kessleri Chlorella variabilis 950958 Chlorella variabilis Chlorella vulgaris 804978 Chlorella vulgaris Pedinomonas minor 850434 Pedinomonas minor Bryopsis hypnoides 886902 Bryopsis hypnoides Oedogonium cardiacum 197180 Oedogonium cardiacum Stigeoclonium helveticum 197187 Stigeoclonium helveticum Schizomeris leibleinii 401401 Schizomeris leibleinii Floydiella terrestris 311478 Floydiella terrestris Scenedesmus obliquus 651329 Acutodesmus obliquus Dunaliella salina 347109 Dunaliella salina Volvox carteri 391120 Volvox carteri Chlamydomonas reinhardtii 33153 Chlamydomonas reinhardtii Pseudendoclonium akinetum 555337 Pseudendoclonium akinetum Oltmannsiellopsis viridis 311485 Oltmannsiellopsis viridis Pyramimonas parkeae 486090 Pyramimonas parkeae Ostreococcus tauri 772469 Ostreococcus tauri Micromonas pusilla 395942 Micromonas pusilla Micromonas sp Monomastix sp 327966 Monomastix Pycnococcus provasolii 361902 Pycnococcus provasolii ot:substitutionCount ML best tree true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true 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true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true true